多功能氣相色譜儀是以氣體作為流動相，當樣品由微量注射器“注射”進入進樣器后，被載氣攜帶進入填充柱或毛細管色譜柱。由于樣品中各組分在色譜柱中的流動相和固定相間分配或吸附系數的差異，在載氣的沖洗下，各組分在兩相間作反復多次分配使各組分在柱中得到分離，然后用接在柱后的檢測器根據組分的物理化學特性將各組分按順序檢測出來。多功能氣相色譜儀就是首先確定樣品預處理方法，然后優化分離條件，直至達到滿意的分離結果。最后，建立數據處理方法，包括：定性鑒定和定量鑒定。方法的一般步驟如下：
1、樣品來源及其預處理方法：
GC能直接分析的樣品必須是氣體或液體，固體樣品在分析前應當溶解在適當的溶劑中，而且還要保證樣品中不含GC不能分析的組分（如，無機鹽）或可能會損壞色譜柱的組分。
2、確定儀器配置：
所謂儀器配制就是用于分析樣品的方法所采用的進樣裝置、載氣、色譜柱以及檢測器。
3、確定初始操作條件：
當樣品準備好，且儀器配制確定之后，就可開始進行嘗試性分離。
進樣量要根據樣品濃度、色譜柱容量、檢測器靈敏度來確定。色譜柱溫度的確定主要由樣品的復雜程度和氣化溫度決定。
檢測器的溫度是指檢測器加熱塊溫度，而不是實際監測點（如，火焰）的溫度。
